Las universidades europeas surgen en el Medievo vinculadas al renacimiento urbano como corporaciones de colaboración y apoyo para el aprendizaje intelectual. Se constituían como gremios de maestros y aprendices. Este gremio se reservaba el derecho de admisión y aprobación de los aprendices, promoviéndolos, en su caso, a la maestría mediante una licencia, que habilitaba para enseñar. La protección regia y pontificia de estas corporaciones les confirió una amplia autonomía. Se gesta en Europa una cultura superior unificada, con el latín como lengua común, planes de estudio semejantes, y una movilidad de eruditos y estudiosos.
Las primeras universidades peninsulares aparecen en Palencia (1208/1214) y Salamanca (1218), Lérida (1279/1300) y Lisboa (1288/90), trasladada a Coimbra en 1308. Estas universidades, siguiendo el modelo de Bolonia, se orientaron hacia los estudios jurídicos y las necesidades burocráticas de la Iglesia, la administración del Estado y los oficios reales. Ello contrastaba con el modelo de Paris o Cambridge, en el que predomina la corporación de profesores, el peso las organizaciones colegiales, y el prestigio de las artes liberales y los estudios teológicos. Las universidades medievales trabajaban en precario. Frailes, canónigos catedralicios y algunos juristas constituían el profesorado habitual. Los alumnos se reclutaban en las diócesis cercanas, completando sus estudios en el extranjero: los teólogos en París, los juristas en Bolonia y los médicos en Montpellier.
La Edad Moderna transforma las universidades medievales en un vivero de profesionales de la administración y la política en la monárquica. Las universidades de la península pasan de ocho en 1475 a treinta y dos en 1625. Las causas resultan complejas, pero cabe asignar un importante papel a la necesidad de formación de un funcionariado eclesiástico y una burocracia estatal, sobre todo en relación con los estudios jurídicos. A ello se añaden los beneficios que al conjunto social podía aportar la educación en general y ciertas enseñanzas como la medicina en particular. De este modo se despliega un abanico de instituciones con patronazgo mayoritario de eclesiásticos influyentes, seguidas de otras de patronato real directo o incluso debidas a la aristocracia laica.
Estos nuevos estudios se acercan más a la tradición parisina que a la boloñesa de las universidades medievales. El modelo que adoptan es el de colegio-universidad o convento-universidad, organizando la enseñanza universitaria en el seno de una comunidad de estudiantes escogidos y becados, cortos en número, austeramente gobernados y sujetos a determinados estatutos fundacionales; o bien en el seno de una comunidad religiosa previamente existente.
Las reformas del siglo XVIII concluyen con el Plan Caballero de 1807, que reforzaba el control estatal con la figura del rector y se concentraban poderes en los claustros de catedráticos. Ese año se suprimieron muchas universidades menores, siendo su función transferida en los llamados institutos de segunda enseñanza. En 1837 desaparecen los diezmos eclesiásticos, y con el plan de 1838, las universidades se financiarían a partir de los derechos de matrícula y académicos, así como de los presupuestos generales del Estado. De este modo, pasamos de la universidad del Antiguo Régimen, autónoma en lo financiero y organizativo, a la universidad liberal, centralizada, uniforme y jerarquizada, financiada y controlada por el Estado, rama de la administración del Estado y con un profesorado funcionario.
Esta nueva universidad se construye con proyectos liberales como el Plan Moyano (1857) donde se separaba la enseñanza de la universitaria. Las universidades dependían del Ministerio de Fomento y el rector se convierte en una figura política de designación ministerial. Se consolida un cuerpo de catedráticos funcionarios, de rango nacional y a partir de oposiciones centralizadas. Otra peculiaridad de la Ley Moyano, fue la organización de las universidades en diez distritos. En el distrito central de Madrid se impartían todos los estudios hasta el grado de doctor y otros distritos correspondían a las universidades de Barcelona, Granada, Oviedo, Salamanca, Santiago, Sevilla, Valencia, Valladolid y Zaragoza. Este modelo centralista del XIX se intentó cambiar con la ley César Silió de 1919, pero el proyecto quedó suspendido con la dictadura de Primo de Rivera.
En 1943 se promulga la Ley de Ordenación Universitaria, vigente hasta la de Villar Palasí en 1970. La universidad quedó vinculada a las ideologías dominantes, los poderes se concentraron en el rector, nombrado desde el Ministerio, La rigidez administrativa, el control y la jerarquía constituían la norma, al servicio del régimen. La Ley General de Educación de Palasí, en 1970, otorga cierta autonomía universitaria en docencia e investigación, reaparecen los claustros universitarios con ciertos poderes y la facultad de presentar una terna para la elección rectoral por el Ministerio. Las Escuelas de Magisterio y Escuelas profesionales adquieren rango universitario, en tanto que nacen las Universidades Politécnicas a partir de la transformación de los Institutos Técnicos ya existentes. El cambio será definitivo con la Ley de Reforma Universitaria de 1983. La descentralización abierta en la Constitución de 1978, aproxima la Universidad a su entorno geográfico y social. El resto de la historia ya queda para otra entrada.